انكب المجلس منذ تنصيبه في نهاية سنة 2010 على الإعداد لمرحلة تنفيذ المنظومة الجديدة للأوقاف العامة، وبناء أرضية صلبة لهذا المشروع الإصلاحي الكبير، وإرساء اللبنات الضرورية لتحقيق الأهداف المرجوة، بأقل تكلفة وفي أسرع وقت.
وهكذا، تم إعداد مشروع النظام الداخلي للمجلس الذي ينظم عمل المجلس، بما ينسجم والاختصاصات الموكولة إليه، وتمت المصادقة على هذا المشروع بموجب ظهير شريف.
وبعد ذلك عكف المجلس على إعداد مشاريع النصوص المالية والمحاسبية المرجعية للأوقاف العامة. والتي استغرقت وقتا كبيرا، بالنظر إلى أنها تؤسس لبناء جديد، يراعي طبيعة الوقف وخصوصيته.
وعندما أنهى المجلس صياغة هذه المشاريع، ومن أجل ضمان الاستيعاب الكامل لمضامينها، والتنفيذ السليم لمقتضياتها، تم تشكيل لجان مشتركة بين المجلس ووزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية لتدارس هذه المشاريع ومناقشتها والوصول إلى أفضل صيغة ممكنة.