شيد المسجد الأعظم بشفشاون سنة 969ﻫ (1471م)، من طرف سيدي محمد العلمي، نجل مؤسس المدينة مولاي علي بن موسى بن راشد العلمي.
و قد اضطلع المسجد منذ ذلك التاريخ بعدة وظائف إلى جانب إقامة شعائر العبادة، تتمثل في تدريس العلوم وتلقين الدروس في مجالات العلوم الإسلامية واللغوية والإنسانية، وعقد حلقات التحصيل لفائدة الطلبة والتلاميذ الوافدين من مختلف أنحاء البلاد.
كما كانت للمسجد وظيفة وطنية صرفة، بحيث كان العلماء يجتمعون في رحابه لمبايعة الملوك العلويين، و كانت تقرأ به الظهائر السلطانية سواء ما تعلق منها بتعيين سلك القضاة أو سلك الولاة.
وقد لعب المسجد أيضا دورا هاما في تأطير الوطنيين إبان فترة الاستعمار والمطالبة بعودة الملك الشرعي للبلاد بعد أن أقدمت السلطات الفرنسية على نفي جلالة المغفور له محمد الخامس والأسرة الملكية.
و بداية شهر فبراير المنصرم، قام أمير المؤمنين صاحب الجلالة الملك محمد السادس نصره الله، بإعطاء الانطلاقة لأشغال ترميم المسجد المذكور، الذي يمتد على مساحة تزيد عن 1500 متر مربع، وقد خصص غلاف مالي بقيمة 5 ملايين درهم من أجل تمويل عملية الترميم هذه التي ستشمل كافة مرافق المسجد، بما فيها دار الطالب التي تستوعب ستين طالبا.
قدمت لجلالة الملك، خلال هذه المراسيم، شروحات حول هذه المعلمة الدينية، التي تمت توسعتها عدة مرات حتى تساير النمو الديمغرافي للمدينة.