إضافة إلى الرئاسة والكتابة العامة، تتكون أجهزة المجلس من الجمع العام ولجان دائمة وأخرى مؤقتة.
فالجمع العام هو الجهاز التقريري للمجلس، ويتألف من جميع أعضائه، ويبدي رأيه حول البرنامج السنوي لأشغال المجلس، وفي كل قضية من القضايا الداخلة في اختصاص المجلس، التي تعرض عليه من قبل الرئيس.
كما يقر مشاريع النصوص التي تعدها اللجنة المؤقتة المكلفة بإعداد مشاريع النصوص المالية والمحاسبية المرجعية قبل عرضها على السلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف لاعتمادها. وكذلك يقر الاستشارات الشرعية والقانونية والدراسات الفقهية التي تعدها اللجنة الاستشارية الشرعية. ويطلع على الأبحاث والدراسات التي تعدها لجنة تنمية الوقف، ويصادق على مشاريع التوصيات والمقترحات التي تقدمها.
ويصادق الجمع العام أيضا على مشروع الميزانية السنوية للأوقاف العامة، وعلى حساب التسيير بعد دراسته من قبل لجنة الافتحاص والتدقيق المالي، ويقر نتائج التقرير الخاص الذي تعده هذه اللجنة حول التقارير السنوية التي يرفعها كل من المراقب المالي المركزي والمراقبون المحليون إلى المجلس.
إضافة إلى ذلك يبت الجمع العام في طلبات إجراء المعاوضات التي تحيلها السلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف على المجلس. ويتولى دراسة مشروع التقرير السنوي حول نتائج افتحاص التدبير المالي للأوقاف العامة، وكذا حصيلة نشاط المجلس وآفاق عمله ويصادق عليه، قبل رفعه إلى جلالة الملك.
أما لجان المجلس فهي: ثلاث لجان دائمة ولجنتين مؤقتتين،ويمكن أن تستعين هذه اللجان بخبراء للقيام بمهامها، كما يمكن الاستعانة في اجتماعاتها بأي شخص يمكنه المساهمة في إغناء عملها أو تسهيل مأموريتها.