تشرف على تنظيم جائزة محمد السادس للأذان والتهليل لجان جهوية للجائزة ولجنة وطنية للجائزة.
تتألف كل لجنة من اللجان الجهوية للجائزة من:
- رئيس المجلس العلمي المحلي بمركز الجهة أو من يمثله رئيسا؛
- المندوب الجهوي للشؤون الإسلامية المعني أو من يمثله مقررا؛
- ثلاثة علماء ملمين بالصيغة المغربية للأذان والتهليل أعضاء
يعين العلماء المنصوص عليهم في البند 3 من هذه المادة بقرار لوزير الأوقاف والشؤون الإسلامية بناء على اقتراح من المندوب الجهوي للشؤون الإسلامية المعني.
تكون اجتماعات اللجان الجهوية قانونية بمشاركة ثلاثة أعضائها على الأقل، وتكون قراراتها نهائية وغير قابلة للمراجعة.
تتألف اللجنة الوطنية للجائزة من عشرة أعضاء، ضمنهم الرئيس بقرار لوزير الأوقاف والشؤون الإسلامية من ذوي الاختصاص، المشهود بهم بالمكانة العلمية والنزاهة الفكرية.
تتفرع اللجنة الوطنية للجائزة إلى اللجنتين الفرعيتين التاليتين:
- اللجنة الفرعية للجائزة التكريمية
- اللجنة الفرعية للجائزة التقديرية
تنتخب كل لجنة فرعية رئيسا ومقررا من بين أعضائها.
تجتمع اللجنتان الفرعيتان في التاريخ والمكان اللذين تحددهما وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، وتعد كل واحدة منهما تقريرا مفصلا عن نتائج أعمالها.
تعقد اللجنة الوطنية للجائزة اجتماعا عاما، تتخذ خلاله قرار اختيار الفائز بجائزة محمد السادس للأذان والتهليل بصنفيها إما بالاتفاق، أو عن طريق التصويت السري بأغلبية الأصوات، وفي حالة تعادلها يرجح جانب الرئيس.